Територія, яка з 1799 року належала до Харківської єпархії, здавна освоювалася багатьма народами. Хоча в літописах і не згадується про хрещення людей, які на той час жили на території Харківщини, археологічні розкопки підтверджують, що у жителів знищеного в XIII столітті міста Дінця було широко поширене християнство.
Харківська єпархія виникла внаслідок постійного збільшення на території Слобідської України у XVII—XVIII століттях православного населення, яке потребувало духовного керівництва. Спочатку храми та монастирі Слобожанщини входили до складу Патріаршої області, а з 1667 року – до складу заснованої Білгородської єпархії, на чолі якої до 1721 року стояли митрополити Білгородські. Свідченням цього звязку Харківщини та Білогородщини є глибоке шанування святителя Йоасафа (Горленка), єпископа Білгородського та Обоянського.
16 жовтня 1799 року указом Святішого Синоду засновується Слобідсько-Українська та Харківська єпархія. Першим єпископом нашого краю став преосвященний Христофор (Сулима; 1813), який був гідним владикою та імя цього архіпастиря харківяни шанобливо зберігають до нашого часу.
За всі наступні роки на Слобоській землі були побудовані прекрасні храми, що стали окрасою міст і сіл, місцеві художники та скульптори створили справжні шедеври, повязані з християнською тематикою, поети та прозаїки у своїх творах оспівували християнські чесноти та продемонстрували нам безліч прикладів людської гідності та відданості праотців вірі. Золотими літерами до скарбниці церковної історії вписано імена багатьох наших земляків. Серед цих славних імен угодників Божих слід згадати харківського святителя Мелетія (Леонтовича), що вже за життя його вважали праведником, а простий віруючий народ за лагідність і благочестя іменував «Милостивим». З 1841 по 1848 роки єпархією керував святитель Інокентій (Борисів). Знаменитий проповідник, «Золотоуст XIX століття», вчений-богослов і видатний архіпастир, працями якого в Харківській єпархії відновлено закриту в роки правління Катерини II Свято-Успенську Святогірську Лавру та Свято-Троїцький Охтирський монастир. Наступником святителя Інокентія був єпископ Філарет (Гумілевський; 1866). Істинний шанувальник чернечої аскези та один із перших церковних істориків, автор фундаментального «Історико-статистичного опису Харківської єпархії».
Знаменитий митрополит Макарій (Булгаков; 1882), з 1859 по 1868 роки - архієпископ Харківський та Охтирський. На багатьох стежках церковного служіння владика Макарій був першопрохідником: у заснуванні монастирів та нових хресних ходів, у справі видання газет та журналів духовного змісту, матеріальної підтримки богословських досліджень та праць світських істориків.
Харківську єпархію, як і всю Православну Церкву, не минули гіркі плоди войовничого безбожного наступу на початку ХХ століття. У переломні для життя держави і суспільства 1914—1918 роки правлячим владикою єпархії Господь судив стати видатному ієрарху Вселенського Православія — памятному митрополиту Антонію (Храповицькому; 1936), який згодом став Першоієрархом Зарубіної Православної Церкви.
У люту годину «вогняної спокуси» (1 Пет. 4,12) з 1920-х – першої половини 1930-х років Харків був не лише столицею України, а й місцем заслання для православних архієреїв, які зазнали гонінь.
У 1993 році Українською Православною Церквою на Ювілейному Архієрейському Соборі Православної Церкви у 2000 році багато страстотерпців було прославлено у лику святих.
Протягом воєнних років, з дня визволення Харкова 23 серпня 1943 року до переможного травня 1945 року Харківське єпархіальне управління передало у Фонд оборони значні кошти.
Період кінця 1980-х років став часом виконаним особливими знаменами, часом благотворного відродження, яке вже зараз багато богословів та істориків називають Другим Хрещенням Русі. Ювілейний 1988 рік – рік святкування 1000-річчя Хрещення Русі – сколихнув народну свідомість і приніс із собою суттєві зміни у житті Церкви та суспільства.
У священну історію Церкви Христової у новій Незалежній Україні назавжди увійшов 1992 рік — рік проведення у місті Харкові Архієрейського Собору Української Православної Церкви, який зберіг чистоту та єдність Православія для всієї України та обрав мудрим Кормчим боголюбивого українського народу Блаженнішого Володимира України, Предстоятеля Української Православної Церкви, 121-го митрополита Київського у понад тисячолітній історії Православія на Святій Русі.
За роки перебування на Харківській кафедрі приснопамятного Високопреосвященнішого Никодима (Руснака), митрополита Харківського та Богодухівського (2011), відроджено десятки святих храмів, комплекс будівель на території Покровського монастиря. 1993 року було відроджено Харківське Духовне училище, 1996 року рішенням Навчального комітету при Священному Синоді Української Православної Церкви перетворене на семінарію, відновлено єпархіальні періодичні видання.
У 2000 році вийшов друком перший номер відродженого богословсько-філософського журналу.
20 липня 1997 року за Божественною літургією у Свято-Борисо-Глібській жіночій обителі с. Водяне Зміївського р-ну Харківської області відбулося чудове оновлення ікони Спаса Нерукотворного. Осіняють благодатним покровом Слобідську землю чудотворні Озерянська та Піщанська ікони Цариці Небесної.
2000 року в Харківській єпархії засновується вікаріатство (допоміжна кафедра), першим вікарним архіпастирем став Преосвященний Онуфрій, архієпископ Ізюмський.
Православні храми Слобожанщини щодня відвідують тисячі людей, для яких цінності православної християнської віри є основоположними у житті.
Процес духовного відродження повязаний із поверненням Церкви відібраних у роки радянського тоталітаризму церков, будівництвом нових храмів.
Знаменною подією стало повернення 2009 року Харківської єпархії Свято-Успенського собору – памятника архітектури XVIII століття.
Митрополит Никодим (18.04.1921 - 15.09.2011)